O Tribunal de Conta do Estado de São Paulo julgou irregulares as contas da Unicamp, do ano de 2006, período em que o atual reitor, José Tadeu Jorge, exercia o primeiro mandato para administrar a universidade. O TCE não concordou com os pagamentos a servidores e dirigentes que recebiam acima do teto constitucional. Alguns membros da Unicamp recebiam um salário maior que o do governador do estado, que é de 20 mil reais.
