A implantação de um modal hidroviário em Piracicaba está sendo proposta pelo Governo do Estado de São Paulo para transportar carga de baixo valor agregado em grande quantidade, como celulose, etanol e soja. O objetivo é ligar o Estado ao Porto do Paraná, com a extensão da hidrovia Tietê-Paraná em 45 quilômetros, permitindo a navegação até o distrito de Artemis, em Piracicaba. O Governo do Estado defende o projeto enfatizando o aproveitamento múltiplo do porto Santa Maria da Serra, no interior de São Paulo, que significa que além da navegação, o empreendimento terá outras finalidades, como a geração de energia (por meio de uma pequena central hidrelétrica), a implantação de um terminal multimodal e uma plataforma logística em Artemis. Mas, para isso haveria a necessidade de fazer desapropriações, alagamento de áreas de preservação ambiental e represamento de água.
O Ministério Público fez uma recomendação à Cetesb para que seja feito um estudo complementar considerando a ferrovia como uma opção com menor impacto ambiental para o Rio Piracicaba. O promotor de Justiça do Gaema, grupo de atuação especial sobre o meio ambiente de Piracicaba, Ivan Carneiro, defende que a ferrovia vá até o já existente terminal de Santa Maria da Serra, em substituição ao projeto dessa represa, que causaria a inundação da região do Tanquã, em Piracicaba, um santuário ecológico, região de várzea, que é usado como repouso e alimentação de aves que fazem a migração para o hemisfério norte.
O diretor do departamento hidroviário do Governo do Estado de São Paulo, Casemiro Tércio Carvalho, afirma que as aves vão se adaptar às mudanças e cita como o exemplo da águia mergulhão que até se beneficiaria com o represamento. O Estado alega também que o projeto da ferrovia custaria um bilhão de reais a mais que o da hidrovia, com impactos ambientais ainda maiores. Tércio cita ainda estudos que indicam projeto iria trazer melhoria à qualidade da água do Rio Piracicaba. Uma afirmação contestada pelo professor e especialista ambiental, Plínio Barbosa de Camargo, da equipe de pesquisadores do SENA – Centro de Energia Nuclear na Agricultura da ESALQ. Os ambientalistas questionam também que o licenciamento da barragem de Santa Maria da Serra e do porto de Artemis seja feito de forma fragmentada. O especialista em recursos hídricos e professor de Direito Ambiental da Unimep, Paulo Afonso Leme Machado, cita uma lei de política nacional de recursos hídricos que defende o licenciamento único. Os ambientalistas identificaram ainda em um estudo prévio de impacto ambiental que o projeto causa risco de inundação do Rio Piracicaba.
